清朝，屬歸治里上五甲。

民國(guó)十九年（1930年），分屬謂姑鄉(xiāng)、鼎新鎮(zhèn)。

民國(guó)二十八年（1939年），屬七區(qū)。

民國(guó)三十三年（1944年），屬勛民鎮(zhèn)。

1950年，屬五區(qū)壽屏鄉(xiāng)。

1951年，屬新寨鄉(xiāng)。

1958年，從小河區(qū)分出成立新店公社。

1962年，改新店區(qū)。

1969年，改稱新店公社并成立革命委員會(huì)。

1984年，稱新店區(qū)。

1988年，區(qū)改鄉(xiāng)，稱新店鄉(xiāng)，原區(qū)屬碉樓、水井、馬店3村劃歸六合鄉(xiāng)。

2006年6月，撤銷六合鄉(xiāng)，原屬碉樓、水井，劃回新店鄉(xiāng)。

2012年9月，撤鄉(xiāng)設(shè)鎮(zhèn)。