西漢神爵三年（前59）隸屬西域都護(hù)府管轄。

唐屬疏勒都督府。

清代為英吉沙爾直隸廳蒲犁分防廳所轄。

1954年8月，阿克陶正式建縣，由喀什專區(qū)的英吉沙縣19個鄉(xiāng)、疏附縣3個鄉(xiāng)、蒲犁縣和塔什庫爾干塔吉克自治縣7個鄉(xiāng)、克孜勒蘇柯爾克孜自治州的烏恰縣2個鄉(xiāng)共31個鄉(xiāng)組成，隸屬于克孜勒蘇柯爾克孜自治州。

1956年2月，英吉沙縣巴仁七區(qū)劃歸阿克陶縣。

1977年1月，阿克陶縣劃歸喀什地區(qū)。

1980年7月復(fù)歸克孜勒蘇柯爾克孜自治州管轄。