始建于遼、金時期，蔡姓人家定居成村，因姓氏得名蔡村。
原址在今址以西半公里（已變?yōu)楦兀囟谓衩輱徸樱?/p>
元朝時因水患遷至北運河西堤之上，即今址，冠以方位，名南蔡村，以區(qū)別于北蔡村。
清朝曾設(shè)把總衙門于此。
1939年分屬武清縣第三區(qū)南蔡村鄉(xiāng)、田辛莊鄉(xiāng)、第六區(qū)大頓邱鄉(xiāng)。
1948年11月解放，屬武清縣第十二區(qū)。
1949年，改稱第七區(qū)，1950年8月改稱第四區(qū)，1952年1月改稱第二區(qū)和第七區(qū)。
1953年5月南蔡村設(shè)為區(qū)轄鎮(zhèn)。
1956年7月南蔡村區(qū)進(jìn)行撤區(qū)并鄉(xiāng)試點，改為南蔡村鄉(xiāng)。
1958年9月南蔡村鄉(xiāng)、泗村店鄉(xiāng)、大孟莊鄉(xiāng)，合并為南蔡村九五公社。
1959年3月，改成南蔡村公社。
1983年4月，南蔡村公社改稱南蔡村鄉(xiāng)。
1995年4月23日，撤鄉(xiāng)建南蔡村鎮(zhèn)。
2001年10月，北蔡村鄉(xiāng)并入南蔡村鎮(zhèn)，稱天津市武清區(qū)南蔡村鎮(zhèn)。