商周為“亙方”，屬侯國(guó)。

春秋為赤狄東山皋落氏地，屬晉國(guó)。

戰(zhàn)國(guó)屬魏，曰王垣。

秦置垣縣，隸河?xùn)|郡，西漢因之，東漢、三國(guó)、西晉均屬河?xùn)|郡。

北魏皇興四年（470），改為白水縣，屬邵上郡。

孝昌年間（525-527）撤邵上郡，于陽(yáng)壺建邵郡，白水縣分設(shè)為白水、青廉二縣。

西魏大統(tǒng)三年（537），改邵郡為邵州，改白水縣為亳城縣，與青廉縣同屬邵州。

北周另置蒲原縣。

隋大業(yè)初，廢邵州，亳城、青廉和蒲原合為垣縣，屬絳郡。

義寧元年（617），在今古城鎮(zhèn)置邵原郡，垣縣分設(shè)為垣縣、青廉、亳城三縣屬之。

唐武德元年（618），屬邵州。

武德五年（622），省亳城入垣縣。

貞觀元年（627），撤青廉入垣縣。

龍朔二年（662），改屬洛州。

乾封二年（667），還屬絳州。

天授二年（691），又屬洛州。

長(zhǎng)安二年（702），還屬絳州。

貞元三年（787），改屬陜州。

元和三年（808），復(fù)屬絳州。

五代稱(chēng)垣縣，屬絳州。

北宋初年間，改名垣曲縣，仍屬絳州。

金興定四年（1220），屬翼州。

元復(fù)屬絳州。

至元三年（1266），撤垣曲并入絳縣。

至元十六年（1279）復(fù)置。

明隸平陽(yáng)府。

清雍正二年（1724），屬解州。

雍正七年（1729），改屬絳州。

1914年，屬河?xùn)|道，后廢道直屬于省。

1937年，屬山西省第七行政公署。

中華人民共和國(guó)成立后，1950年屬運(yùn)城專(zhuān)區(qū)，1954年屬晉南專(zhuān)區(qū)，1970年屬運(yùn)城地區(qū)。

2000年，運(yùn)城地區(qū)撤地設(shè)市，垣曲縣屬運(yùn)城市。