1962年偏關縣設15個人民公社，南堡子生產大隊隸屬于南堡子公社。

1984年9月，偏關縣撤銷人民公社，建立鄉(xiāng)鎮(zhèn)人民政府，生產大隊改為行政村，南堡子生產大隊改名南堡子村民委員會。

2001年偏關縣并為10個鄉(xiāng)鎮(zhèn)，南堡子村民委員會隸屬于南堡子鄉(xiāng)。

2020年5月，全縣“并村簡干”，撤銷黑家莊村民委員會，并入南堡子村民委員會。

2021年1月，偏關縣撤鄉(xiāng)設鎮(zhèn)，撤銷南堡子鄉(xiāng)和尚峪鄉(xiāng)，合并設立尚峪鎮(zhèn)，南堡子村民委員會隸屬于尚峪鎮(zhèn)。