商代時，為古奄國舊址，《闕里文獻考》記：曲阜“在殷為奄”。

奄是商朝的屬國。

《山東通志》卷二十云：“奄，贏姓，少昊之后《漢書》：‘古奄國即魯之奄里’”。

因此，奄亦為商朝的古都。

周時為魯國，周武王滅商，在全國范圍內(nèi)進行分封，奄為商人故地，周武王將其胞弟、王國輔臣周公旦封到少昊之墟曲阜，國號魯。

魯國為楚所滅后改為魯縣。

秦時為魯縣并為薛郡治，郡治設(shè)在曲阜。

西漢時為魯縣，是徐州魯國國治。

東漢為魯國，是豫州魯國國治，后為東海國國治。

魏、晉時為魯縣，是豫州魯郡郡治。

南北朝時為魯縣，屬兗州魯郡。

東晉以魯縣為屬邑，改隸兗州部。

北魏時為魯縣，是兗州魯郡郡治。

北齊、北周時為魯縣，屬兗州任城郡。

隋初名汶陽縣。

隋開皇十六年（596），初定名為曲阜，先屬兗州，后改屬魯郡。

唐貞觀元年（627）入泗入縣，八年復(fù)置，屬兗州。

北宋大中祥符五年（1012）改為仙源縣，徙治大魯城東北八里（今舊縣村）屬京東東路襲慶府。

金天會七年（1129）復(fù)名曲阜縣，屬兗州。

元時屬山東東西道濟寧路總管府兗州。

明嘉靖三年（1524）還治古魯城，屬兗州府。

清時屬山東省兗州府。

1914年屬濟寧道。

1925年屬兗濟道。

1928年直屬山東省。

1938年屬魯西道。

1940年屬兗濟道。

1941年屬魯南專區(qū)第一行政區(qū)。

1944年屬魯南行政區(qū)第一專區(qū)。

1948年屬魯中南行政區(qū)第四專區(qū)。

1950年屬滕縣專區(qū)。

1953年屬濟寧專區(qū)。

1958年滋陽縣并入，縣人民政府遷兗州。

1962年原滋陽縣地析出置兗州縣。

1967年屬濟寧地區(qū)。

1983年屬濟寧市。

1986年6月，曲阜撤縣建市。