馬山鎮(zhèn)歷史悠久，境內(nèi)有大崖、季家等商周時(shí)期文化遺址。

春秋時(shí)地處齊魯兩國(guó)邊境，漢屬盧縣，五代時(shí)始屬長(zhǎng)清縣。

民國(guó)初年，屬漢盧區(qū)及中川區(qū)一部分。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)前后為七區(qū)和六區(qū)一部分。

1952年為第七區(qū)。

1956年為馬東區(qū)一部分。

1958年撤區(qū)并鄉(xiāng)后為馬山鄉(xiāng)和崮頭鄉(xiāng)一部分，是年建立了馬山人民公社。

1959年撤消長(zhǎng)清縣建制，劃屬肥城縣。

1961年恢復(fù)長(zhǎng)清縣建制時(shí)還屬。

1984年，撤消馬山公社建馬山區(qū)。

1985年改馬山區(qū)建馬山鄉(xiāng)。

1995年4月改鄉(xiāng)建馬山鎮(zhèn)。