湖口縣因位于長江與鄱陽湖交匯處而得名，中國第一大河流（長江）與中國第一大淡水湖（鄱陽湖）在此匯合。
湖口縣得名于南朝宋所置湖口戍。
清康熙《湖口縣志》載：“湖口，以在彭蠡湖之口故名�！睋�(jù)《太平寰宇記》記載：“湖口縣，本湖口戍，是南朝舊鎮(zhèn)。
唐武德五年（623），安撫使李大亮以為要沖，遂置鎮(zhèn)在彭蠡湖口，偽唐保大年中升為縣�！绷頁�(jù)《湖口縣志》記載：“南唐升元二年（938），始析彭澤縣之彭澤鄉(xiāng)、五柳鄉(xiāng)之半為湖口縣�！焙诮ǹh始此，初置屬江州。
宋，屬潯陽郡；宋建炎元年（1127），屬定江軍；建炎二年（1128），屬江州路。
元至元十二年（1275），屬江東西宣撫司；至元十三年（1276），屬江西大都督府，隸揚(yáng)州行��；至元十四年（1277），屬江州路，隸龍興行都元帥府，后隸行中書��；至元十六年（1279），隸黃蘄等路宣慰司；至元二十二年（1285），復(fù)隸行中書省。
明、清，隸屬九江府。
咸豐四年（1854年）三月，太平天國改湖口縣為九江郡，以九江府為江西省。
太平天國失敗后恢復(fù)湖口縣，仍屬九江府。
1912年，江西省設(shè)道，隸屬潯陽道。
1926年，廢道設(shè)行政區(qū)，屬江西省第三行政區(qū)。
1935年，劃入江西省第五行政區(qū)。
1949年4月28日解放，隸屬華東贛東北行政區(qū)鄱陽專區(qū)；1949年8月，劃歸江西省九江地區(qū)。
1983年8月，隸屬九江市。