清朝康熙年間屬木瓜溝村，清同治年間屬西鄉(xiāng)木瓜保。

民國11年屬第五區(qū)，民國36年將軍鄉(xiāng)漆溝保。

1948年為漆溝村，1951年土改，為漆溝鄉(xiāng)，1956年撤區(qū)建社，為店子農(nóng)業(yè)合作社，屬五峰區(qū)管轄。

1958年人民公社化，為店子大隊，屬先鋒人民公社管轄。

1975年撤區(qū)并社，店子大隊屬陳莊公社管轄。

1980年，陳莊公社更名為將軍河公社，店子大隊屬將軍河公社管轄。

1981年，更名為店子溝大隊，屬將軍河公社管轄。

1984年撤社并區(qū)，大隊改村，更名為店子溝村，屬鮑峽區(qū)胡家營鎮(zhèn)管轄。

1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)，店子溝村屬胡家營鎮(zhèn)管轄至今。