清朝康熙年間屬花米村。

清同治五年屬王二保，歸西鄉(xiāng)管轄。

民國(guó)期間屬大峽鄉(xiāng)第五保。

1948年稱花園村，1951年推行土改，稱花園鄉(xiāng)，1955年推行合作化，稱花果農(nóng)業(yè)合作社，屬鮑峽區(qū)管轄。

1958年人民公社化，改名為花園大隊(duì)，屬紅旗人民公社管轄。

1961年，花園大隊(duì)屬鮑峽區(qū)管轄。

1975年撤區(qū)并社，花園大隊(duì)屬鮑峽人民公社管轄。

1981年，更名為小花果大隊(duì)，屬鮑峽人民公社管轄。

1984年撤社并區(qū)，撤隊(duì)改村，為小花果村，屬鮑峽區(qū)姚家鄉(xiāng)管轄。

1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)（鎮(zhèn)），小花果村屬鮑峽鎮(zhèn)小花果管理區(qū)管轄。

2001年行政體制改革，小花果村屬鮑峽鎮(zhèn)管轄至今。