夏、商屬豫州。

西周屬沈國(guó)，豫州部。

春秋為頓國(guó)（治今平店鄉(xiāng)李崗村），前496年滅于楚。

秦置陽(yáng)城縣（治今舒莊鄉(xiāng)扶蘇村），屬陳郡。

陳勝、吳廣起義時(shí)，改陽(yáng)城縣為扶蘇縣。

西漢縣境置陽(yáng)城（治所由扶蘇遷往今大武鄉(xiāng)城劉）、汝陽(yáng)（治所在今張莊鄉(xiāng)城上村）、博陽(yáng)（治所在今平店鄉(xiāng)李崗村）3縣，屬汝南郡。

王莽新政時(shí)改博陽(yáng)縣為樂(lè)家縣。

東漢改陽(yáng)城縣為征羌縣，汝陽(yáng)、樂(lè)家2縣未變。

三國(guó)魏廢征羌、樂(lè)家2縣入汝陽(yáng)縣，屬陳郡。

晉屬汝南郡。

南朝宋在今縣境內(nèi)置汝陽(yáng)郡，領(lǐng)汝陽(yáng)、武津（治所在今上蔡縣崗郭村）2縣。

北魏復(fù)置征羌縣，汝陽(yáng)郡領(lǐng)汝陽(yáng)、武津、征羌3縣。

北齊廢郡，仍設(shè)汝陽(yáng)縣，屬豫州。

隋開皇十六年（596）析置溵水縣。

大業(yè)初年（605）廢汝陽(yáng)縣入溵水縣。

皇泰元年（618）析置扶蘇縣，溵水、扶蘇2縣同屬淮陽(yáng)郡。

唐武德五年（622）廢扶蘇縣入溵水縣，屬河南道。

貞觀元年（627）屬陳州。

建中二年（781）屬溵州。

興元元年（784）屬淮陽(yáng)郡。

五代屬陳州。

宋建隆元年（960）為避諱改稱商水縣，屬淮寧府。

金屬陳州。

元至元二年（1336）廢項(xiàng)城、南頓2縣入商水縣，后3縣復(fù)分置，屬陳州。

明洪武元年（1368）廢商水縣。

四年（1371）復(fù)置，屬陳州。

清屬陳州府。

1913年屬豫東道。

1914年屬開封道。

1927年直屬河南省。

1932年先后屬河南省第三區(qū)行政督察區(qū)、河南省第七區(qū)行政督察區(qū)。

1947年設(shè)郾商西縣。

1949年郾商西縣并入商水縣，屬淮陽(yáng)專區(qū)。

1952年撤銷周口市（縣級(jí)），改為商水縣轄鎮(zhèn)，縣政府遷駐周口鎮(zhèn)。

1953年劃屬許昌專區(qū)。

1965年屬周口專區(qū)。

1969年屬周口地區(qū)。

1975年縣遷駐今商水縣城。

2000年屬周口市。