明萬歷年間（1573-1619），鐘、何兩姓先祖從海面來此建村，信堪輿師意見，初名“南峽”，土語“峽”“合”諧音，改名“南合”。

清康熙縣志、清乾隆縣志作“南盒”村，屬瀧水都四圖。

清道光縣志圖說記“南合鐘姓”。

民國時(shí)期至1951年屬第七區(qū)洞南鄉(xiāng)。

1952-1956年改屬第十一區(qū)南田鄉(xiāng)（1955年第十一區(qū)改為崖西區(qū)）。

1957年改屬洞南鄉(xiāng)。

1958年并入洞南管理區(qū)。

1959年成立南合大隊(duì)。

1984年與南昌大隊(duì)、田寮大隊(duì)合稱南田鄉(xiāng)。

1986年從南昌大隊(duì)、田寮大隊(duì)分出，稱南合村委會。

1988年改稱南合管理區(qū)。

1999年復(fù)稱南合村委會。

2002年崖南與崖西合并，屬崖門鎮(zhèn)，仍稱南合村委會。