西漢至十六國“五涼”時期，九墩鎮(zhèn)境域分屬武威郡休屠縣和姑臧縣，休屠縣治所即今四壩鎮(zhèn)、九墩鎮(zhèn)一帶。

北魏至隋初，屬武威郡林中縣和襄城縣。

唐宋年間，歸姑臧縣。

元時，屬永昌路西涼州。

明清時期，先后歸涼州衛(wèi)和武威縣。

民國元年（1912年）后，屬武威縣雙城鄉(xiāng)。

1949年9月后，屬白塔、雙城區(qū)。

1952年7月，屬第六區(qū)（雙城）。

1956年1月，為九墩鄉(xiāng)。

1958年10月，屬下雙公社。

1962年，成立九墩公社。

1983年7月，設九墩鄉(xiāng)。

2018年3月，撤鄉(xiāng)，設九墩鎮(zhèn)。